Presentemente, a biologia pode ser organizada essencialmente em duas “áreas” distintas, mas idealmente complementar: dry biology (“biologia seca”) e wet biology (“biologia molhada”). A wet biology é basicamente a biologia tradicional, ao passo que a dry biology são as novas formas de estudar sistemas biológicos valendo-se de computadores/modelos. Exemplos imperativos de dry biology são a ‘biologia sistêmica’ (também chamada de ‘biologia de sistemas’) e ‘biologia matemática’ (também conhecida como ‘biologia teórica’). Dado as linhas de pesquisa da dry biology seria possível empregar sistemas virtuais, alimentados por equações, para diagnóstico e prognóstico de condições médicas? Até que ponto podemos realmente ir na descrição matemática computacional de sistemas biológicos?
Biologia Sistêmica busca juntar em um único ponto: matemáticos, físicos, biólogos, cientistas da computação, médicos e outros de forma unificada, de tal forma que nenhum profissional tendendo à somente uma área possa alcançar resultados. Neste blog será documentado insights do autor sobre o assunto, especialmente assuntos que podem influenciar pesquisadores do Brasil.
Seções
- 1. Introdução
- 2. Biologia Matemática
- 3. Biologia Sistêmica
- 4. Biologia Computacional
- 5. Biologia Sistêmica e Aprendizado de Máquina
- 6. Biologia Sistêmica e Equações Diferenciais
- 7. Biologia Sistêmica e Cálculo Estocástico
- 8. Biologia Sistêmica e Teoria de Controle
- 9. Conclusões e considerações finais
- 10. Referências
Saturday, July 13, 2019
Monday, September 21, 2015
Algumas discussões em Biomatemática: biologia matemática, bioengenharia, biologia teórica e Cia
Resumo. Controle de peso é um vultoso desafio para
qualquer pessoa. Ordinariamente, apreensão com relação a controle de peso
abrolha tanto devido a fatores estéticos como de bem-estar. Umas das maiores
problemáticas jaz na ocorrência de que o processo de alimentar e controle
interno de energia, chamado cientificamente de homeostase, é alcançado de forma
automática pelo corpo, em um processo análogo a "tecnologia da
informação", que integra diferentes partes do corpo, como sistema
digestivo e cérebro; obtém-se escasso controle desse do ponto de vista global.
Neste artigo, disserta-se sobre o conceito de biomatemática, um exemplo,
emprestado de uma pesquisa recente em desenvolvimento, é explorado para nortear
o leitor em torno do conceito de biomatemática. O desígnio do artigo é chamar a
apreciação para a crescente pendência por profissionais em áreas que unam
engenharias, física, matemática e ciências da vida. Mesmo que essa demanda já
existe por um bom tempo, de modo recente, isso se tem mostrado mais
proeminente. Simulações computacionais, acompanhadas de um modelo matemático
emprestado e adaptado da literatura, é discernido. O artigo é concluído com
algumas altercações, exposições finais, e as atinente referências; as
referências foram selecionadas de modo a servir como um quadro sinóptico para
interessados nas discussões.
Palavras-chaves. Biomatemática; Bioengenharia;
Biologia Matemática; Biologia Sistêmica;
Biologia Teórica; Engenharia Biomédica; Fisiologia Matemática.
Abstract. Body weight management is a dreadful
task for anyone attempting to lose some pounds. In general, weight control
apprehensions are born from either esthetic or healthcare reasons. One of the substantial challenges boils down
to the fact that weight control is an automatic biological process,
orchestrated by our internal workings, metabolism and so on, a process similar
to technology of information in companies, different parts of the body are
integrated; e.g., stomach, the guts, and the brain. On this paper we discuss
biomathematics and an example borrowed from an up to date research in
development by the authors is used to epitomize, presented; most of the
idiosyncrasies of biomathematics compared to traditional modeling is pinned
down. The aim of the article is to call awareness for the ever-mounting demand
for professionals engaged on areas that mixture math, physics, and engineering
sciences with life sciences. Notwithstanding these callings are not novel, the
growing academic requirement is more evident than ever. Computer experiments, in silico, are presented at the side of
the mathematical formalism. The article ends up with deliberations, final
remarks, and a group of references carefully selected for taking the place of a
map for anyone engrossed to jump into the area.
Keywords. Biomathematics; Mathematical Biology; Mathematical Physiology;
Biomedical Engineering; Theoretical Biology; Systems Biology.
Go on...ResearchGate (Full Text)
Thursday, August 20, 2015
Thursday, December 4, 2014
biologia sistêmica para engenheiros de produção e industrial
Sobre o trabalho
Título do
material
Uma
introdução à biologia sistêmica para engenheiros de produção e industrial
Conteúdos
Biologia sistêmica, biomatemática, biologia
matemática, bioengenharia, pensamento sistêmico em biologia e medicina,
interface entre engenharias e áreas biológicas e médicas.
Descrição do conteúdo
Como defendido por mim no SIMPEP 2013, artigo,
biologia está entre as áreas que formam os desafios do milênio, é tanto que o
número de artigos e livros na área cresceu de forma exponencial. Biomatemática
e derivações como biologia sistêmica têm mudado a face do mundo biológico e
médico, trazendo métodos quantitativos e metodologias geralmente associadas à
engenharia a ser consideradas por essas áreas acadêmicas de forma direta. O que
é mais interessante de notar é uma tendência cada vez maior das áreas
biológicas ao que conhecemos como engenharia, pensamento quantitativo, e pensamento
teórico. No entanto, na língua portuguesa não existe literatura em abundância
em biologia sistêmica, em especial literatura não-especializada (público
genérico), tratando biologia sistêmica e biomatemática; como exemplo, uma busca
no Amazon.com.br. Em artigo enviado
para avaliação, procuro discutir o tema para o público de inteligência
computacional na língua portuguesa: ver http://biologiasistemica.blogspot.it/. Sendo assim, esse manuscrito pretende servir
como um ponto de partida para profissionais e estudantes de engenharia, com
enfoque em engenharia de produção, que possam se interessa pela área e procuram
referências didáticas em vez de livros editados ou mesmo focado em pontos
específicos, ao pensar do autor, a formação do mesmo em engenharia de produção
o propiciará uma forma diferente de apresentar o assunto; adicionalmente o
livro será publicado em Português, o que o torna interessante para jovens
cientistas brasileiros. Pretendo convidar um professor mais experiente na área
para participar da publicação, livro-texto, algo que depende da disponibilidade
de tempo do professor referido ou mesmo interesse em publicar em Português.
Detalhes: submetido sobe convite por email (Editora Blucher)
Sunday, November 23, 2014
Redes Biológicas
“.....Não há ramo da matemática, por mais abstrato que seja, que não possa um dia vir a ser aplicado aos fenômenos do mundo real...” Lobachevsky
“.....As grandes teorias nascem da mistura...a fragmentação da ciência é algo totalmente humano como a ética...não tendo nem um sentido fora do nosso mundo intelectual...”
Umas das mais importantes mudanças nas áreas biológicas está na mudança de mentalidade.
Como reconhece e defende Capra (1975), Newton (1642-1727) influenciou muitas áreas científicas além da física. Essa influência veio de forma inicialmente positiva, dado às ciências tradicionais novos horizontes, mas, isso com o passar do tempo, acabou se tornando um tumor nas ciências como biologia e medicina; áreas como psicologia tentaram incorporar a forma de pensar desse filósofo, teólogo e matemático-físico.
“.....Hoje temos bifurcações em todos as ciências devido a essa inicial tentava que falhou e os reparos deixaram cicatrizes....”.
Raízes da biologia sistêmica |
Buscas por leis em redes biológicas |
Limites das físicas |
Função das
redes de transcrição: máquina de interface entre meio ambiente o interno do
sistema vivo.
|
Wednesday, November 19, 2014
Biologia Sistêmica: um novo paradigma para as ciências biológicas e exatas “ou” Biologia Sistêmica e Inteligência Computacional (versão 13)
versão 1 -> versão 12: aumento no número de páginas
(de 13 para 17), duas seções novas, uma em propriedades emergentes e uma sobre
uma metodologia em desenvolvimento por mim; diminuição do número de figuras,
aparentemente algumas figuras estavam criando confusão; diminuição e rearranjo
da conclusão, aparentemente mais direta, as partes eliminadas da conclusão
foram eliminadas do artigo como um todo; adição de subseção em biologia
sistêmica, revisão bibliográfica curta na esperança de enriquecer o trabalho; fusão
de algumas seções curtas em uma única, de 10 para 6: adição de uma figura nova
como parte da seção nova na metodologia em desenvolvimento por mim: referencial
bibliográfico mantido intacto, com exceção de algumas novas referências,
existem referências não citadas no texto.
Texto completo: versão 1 -> versão 12.
Texto completo: versão 1 -> versão 12.
Thursday, November 6, 2014
Propriedades emergentes
Vetores em coordenadas polares para tempo intermediário, neste gráfico somente a direção
dos indivíduos importa.
Fonte: Simulações por Jorge Guerra Pires 2009
|
tartarugas desenham um círculo
sem necessariamente haver uma definição de círculo. Fonte: http://education.mit.edu/starlogo/ |
Evolução de indivíduos
em algoritmo genético Fonte: Simulações por Jorge Guerra Pires 2009 |
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